Le Limousin est un territoire riche en eau. Les précipitations venues de l’océan Atlantique sont à l’origine de ce réseau hydrographique dense. Le Plateau de Millevaches fait circuler ses milles sources vers l’aval en une multitude de ruisseaux et une centaine de rivières se dirigeant essentiellement vers l’ouest du territoire. Avec l’absence de réserve souterraine d’eau, l’alimentation du réseau hydrographique dépend principalement des précipitations. Les eaux courantes du territoire conservent une bonne qualité chimique grâce au faible développement industriel et à la faible densité de population. Le Pays Monts et Barrages est doté de presque 1 300 kilomètres de cours d’eau. Des rivières comme la Vienne, la Maulde, la Combade, le Taurion, la Briance ou encore la Vige, présentent un intérêt écologique et patrimonial important. Les vallées de la Vienne et du Taurion sont classées Natura 2000 puisqu'elles regroupent des habitats et des espèces protégés à l'échelle européenne. De nombreuses Zones d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), des sites inscrits, concernent ces cours d'eau et leur vallée. 

La biodiversité des cours d’eau est riche. Les larves d’insectes, adaptées aux courants vifs, s’installent au fond du lit et témoignent de la qualité biologique de l’eau. La Moule perlière (Margaritifera margaritifera), mollusque rare mais bien présent sur le territoire, est liée à la présence de la Truite fario (Salmo Trutta). Les rivières du territoire accueillent d’autres poissons protégés tels que le Chabot commun (Cottus gobio) et la Lamproie de Planer (Orconectes limosus). La Loutre d’Europe (Lutra lutra) est un mammifère emblématique des cours d’eau du territoire et témoigne de leur qualité. Le Cincle plongeur (Cinclus cinclus) et le Martin-pêcheur (Alcedo atthis) sont des oiseaux inféodés à ces milieux. La flore y est tout aussi intéressante. Des plantes inférieures (algues, mousses, ...), et supérieures (nénuphars, iris, joncs, ...) ont développé des stratégies adaptatives pour y vivre. Elles sont indispensables pour le fonctionnement de l’écosystème et pour la faune aquatique. Les berges et ripisylves constituées de plantes herbacées hygrophiles (laîches, roseaux, …), d’arbustes et d’arbres (aulnes, frênes, bouleaux, ...) sont essentielles pour lutter contre l’érosion, nourrir et faire vivre la faune.